我再思考了一下，“妥处”虽然两岸都有人用，可能是各自发展出来的，大陆未必是学台湾的。
台湾公文的“妥處”可能是“善處”的仿造，就把“妥”解释成“妥当”或“稳妥”，未必是“妥善处理”的缩略语。
那么，台湾公文的“妥處”，《国语辞典》为什么不收呢？因为于古无据。检索《四库全书》，没发现“妥處”，只有“不妥處”(不妥当的地方)。真不能这样用。
至于大陆，因为“妥善处理分歧”说得多，“妥处”大概确实是“妥善处理”的缩略语。
能不能这样用？假如上文先说了“妥善处理分歧”，后面再说“妥处分歧”，不会产生歧义，就没有问题。假如没有前文的提示，就不适合这样使用。