《汉语大词典》应该是疏忽了。但《辞源》要说它矛盾也有点不精确,因为《辞源》对于词条的非首字的注音有些任意,不是没注音就代表默认为第一读音。
至于什么情况符合上述似乎是编辑群认定的。所以说【欸3乃】的乃没特别注ai3,但是【乃】举了ai3,就不算矛盾。类似例子不胜枚举。
另外《辞源》【蘭若】第二义项有注re3呀: