“胗”字作“禽类的胃”一义时，汉语大词典和现代汉语大词典注音为zhūn（ㄓㄨㄣ，图片文字版都是如此），其它词典全部注音为zhēn，日常生活也念后者音。而胗此意来自于“肫”，肫则毫无疑问读zhūn，两个字互为异体字。但两字都是形声字，一个形屯（zhūn）声，一个形㐱（鬒的本字，zhěn）声。在古汉语字典上，胗只有其本意“嘴唇溃疡”的读音zhěn，康熙字典也只说广韵记录其有“之忍切”和“居忍切”。也就是说zhēn音恐怕是较晚期才出现的方言音，所以用不同声旁的字作替代。
我想汉语大词典的编辑应该是认为胗只单纯是肫的异体字，也似乎没有明确的音韵记载，所以保守起见写成二者同音？但胗的现代规范读音就是zhēn，我不太懂方言的音变，希望有大佬能解我此惑。
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查了《现代汉语词典》、《国语词典》和《汉语大字典》，“胗”字作“禽类的胃”一义时，都读zhēn。读音应该以《现代汉语词典》为准，《汉语大词典》和《现代汉语大词典》都弄错了。希望编者在修订时注意到这个错误。
《现代汉语词典》
肫2 zhūn 鸟类的胃：鸡～｜鸭～。
胗 zhēn(～儿)鸟类的胃：鸡～儿｜鸭～儿。
我个人认为：弄错的原因是“肫”和“胗”有一个义项相同，注音的人给“胗(鸟类的胃)”误注了“肫(鸟类的胃)”的音。“胗(鸟类的胃)”这个义项是后起的，在古代用“肫(鸟类的胃)”。
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从汉大的引证看来，「胗」是做“禽类的胃”是有出处的，应该是假借字：
至于读音，如果假借的是「肫」，那就正是读「zhūn」了。不过编辑还是出了问题，把原本应该读「zhěn」的义项（也是假借字）竟也归到「zhūn」下了：
不过现在统读了，不管假借不假借，读「zhěn」还是「zhūn」，现在统读「zhēn」：
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我也注意到了这句引用，不过各类词典中我只能找到这一处引用，孤例显得说服力不太够。
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《汉语大词典》的编辑没有错，你没有弄懂体例，它所有的词组都是放在单字所有义项后的。没有标号的读音就是读缺省音（第一个音）。
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不懂音变，看词典“肫”读zhun1“胗”读zhen3《广韵》有收，但“胗”读zhen1没有。
所以猜想：
“胗”原本是“诊”义，所以读zhen3，现在这个意思已不用；“禽类的胃”义应该是来自“肫”，“肫”读zhun1，也就是那时人们说“ji1zhun1”，后来误写“肫”为“胗”后，读音就逐渐折中为“ji1zhen1”。
既然现在胗已不诊，所以语委就干脆新事新办，不zhen3不zhun1了。
估计楼主和我一个意思 
我发现我的第一个帖子查资料查得不够仔细。《汉语大字典》1版的错误和《汉语大词典》是相同的，读zhūn，理由是“同‘肫’”，这样就说清了注音的根据。但是《汉语大字典》2版大概发现这个注音和《现代汉语词典》冲突，就改正了错误。
《汉语大字典》1版2062
胗
(二）zhūn
同“肫”。禽类的胃。如：鸡胗肝儿。
《汉语大字典》2版2210
胗
(二）zhēn
禽类的胃。如：鸡胗肝儿。