一般而言，日语是双轨进行。
行文的时候有汉字尽量写出汉字，方便一眼辨识，
但真要写成假名也可以，只要context不会产生歧义，也能理解。
汉字当然都是念成假名的拼写法，所以：
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只有假名的词–无疑就用假名当entry
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有汉字的词–要用假名与汉字两套索引
当然entry可以只有一套
比如
つうちしょ 【通知書】 这是一条entry
但是
つうちしょ
通知書
两个都要指向つうちしょ【通知書】这个词条。
或者
将通知書作为entry（可以显示为 つうちしょ 【通知書】）,
再将 つうちしょ指向通知書也可以。
会，在搜寻框中会变得很长很累赘…
那是epwing时代的眼泪。
也会造成相同的词因为形式不同，被分成好多条
只要显示成 **つうちしょ 【通知書】**就好，方便读者用眼睛看，得到最大信息量
但entry或跳转想怎么设定（只要不是つうちしょ 【通知書】一整串就好）都随您的意思，
只要汉字或假名都查得到，就没问题