俺手头一直用的《 新世纪日汉双解大辞典》正是楼主在上面致谢发过的链接，下称旧版。
1.新版的句项目中的「振り仮名」消失，能否修复一下 已修复
旧版截图:
新版截图:
旧版截图:
当然用假名而不是汉字肯定不能说是错,确实有很多日语词汇存在汉字而罕用汉字,比如「 ありがとう」
但新版将汉字全改为假名应该不太符合日语的书写习惯,比如新版中词汇「愛」的句项目为「あいの巣」
旧版截图:
新版截图:
至于哪种更常用,可以直接Google “あいの巣” “愛の巣”
分别为 96,900 条结果和450,000 条结果,单看这一点,窃以为旧版的处理更好