首先，逻辑没有问题，也不是废话。
“之所以……是因为……”是一个常见且正确的句式。
全文检索王力的《汉语语法史》与《中国现代语法》，会发现好几处论述都使用了这个句式。
这里用这个句式也是有道理的。下面尝试解释一下。
先引文
《汉语语法史》中关于“所以”：
“所以”結構，往往用來追問原因或解釋原因。追問原因的“所以”放在從句，即一個複句的上半句，在這種情況下，“所以”前面往往有“之”字，句末往往有“者”字，例如：
凡君之所以安者，何也？以其行理也。（《墨子·所染》）
桀紂幽厲之所以失措其國家，傾覆其社稷者，以此故也。（同上，《尚賢中》）
此心之所以合於王者，何也？（《孟子·梁惠王上》）
凡姦人之所以起者，以上之不貴義，不敬義也。（《荀子·强國》）
君子之所以貴玉而賤珉者何也？爲夫玉之少珉之多邪？（同上，《法行》）《中国现代语法》中关于“之”：
联结词大致可分为四类：
（一）在组合式里①，把次品联结于首品者“之”字。
（A）稍能警省，亦可免沈沦之苦了。（1）
（B）故深得下人之心。（5）
（C）连用通关之剂，并不见效。（95）
（D）此系前日圣上亲赐静鸽香念珠一串，权为贺敬之礼。（15）
（E）就将芳官扶在宝玉之侧，由他睡了。（63）
（F）宝玉便回明贾母要约秦钟上家塾之事。（8）
可以看出，“之所以”的“之”前省略了次品“我”，原应为“我之所以……是因为……”
与《荀子·强國》中的“凡姦人之所以起者，以上之不貴義，不敬義也。”句式一致，逻辑没有问题。
但是，这句话去掉“之所以”也是完全可以的。那加了到底有什么用呢？
引原句：
之所以没有使用常见的合成生物学一词，是因为在现阶段尚未真正实现从头（from scratch）合成一个新的生物体的合成生物学。
不难看出，这应是在一段文字的末尾所言，正因为前面没有使用“常见的合成生物学一词”，所以最后才要加以解释。
而对于习惯了“常见的合成生物学一词”的大众来说，恐怕早已按捺不住心中的疑问，早已默默问了作者无数遍了吧。“你为什么要用非主流译名/专有名词啊！”
——因此，用来追问原因的“之所以”，此刻用在这里，岂不是正合适？
代入一下看到这里的读者，想必他们都会长舒一口气吧，“终于帮我把这句话问出来了！”
这正是修辞中的设问呀。