1、所有的mdx编译工具：编译源文件后，词条的先后排序信息丢失，以致无法还原。这对于中文等存在多音字的情形就是个灾难，无法正确还原；对于图片词典等更是糟糕，特别是按照笔画、或先按某个机制分类再按拼音排序等非字母排序的图片词典来说，前人辛苦整理的词条，就难以被正确还原，从而无法充分地重新利用了。
案例：https://www.pdawiki.com/forum/forum.php?mod=viewthread&tid=41323
2、与1好像是相关的问题：pdawiki的众多词条提取工具（input词头，output完整的词条内容），无法按照原始的Input词条顺序，输出相同顺序的词条内容，几乎都是按拼音顺序重排了，这很不便于学习应用。
这里置顶的众多工具都有此类问题：词库制作交流区 - Dictionary-Making - Powered by Discuz!
3、图片词典制作工具 MdxSourceBuilder 虽然开源，但采用vimscript编写，非python等大众语言，阻碍了更广泛的应用。