其实你说的也是我折腾对齐的目的之一。几年前就出过样本（见附件epub，里面的对齐不尽理想，主要是展示想法）。
但直接两本epub进去一本对齐的epub出来，结果恐怕会有很多需要修改的地方，中间肯定需要人工干预微调什么的。这个干预的工具测试版（基于pyqt5）已经写出来了： https://pypi.org/project/ptextpad/。有兴趣的话可以试用一下。尽管是测试版，但应该大致可以用了。支持的格式也多一些，可能也支持epub，但没有大面积测试过。
最近有别的事情加上本子失联，大意没做备份，丢了很多资料和笔记，还要从头配置环境，有点焦头烂额。暂时需要搁置一下。